Модель супермото Yamaha XT660X появилась в 2004 году вместе с эндуро Yamaha XT660R. За основу мотоцикла был взят тот же 1-цилиндровый двигатель Minarelli, объемом 659 куб. см., выдающий 48 л.с. мощности и почти 60 Нм крутящего момента. Данный мотор ставится также на модель MT-03.

Разработка заводских мотардов на базе эндуро-моделей не была в новинку для японских мотопроизводителей. Наиболее яркий представитель подобных разработок — Suzuki DR-Z400SM. Чуть позже этим отличилась и Honda со своими моделями XR400 Motard и FMX 650. Однако Yamaha XT660X немного другой — он более технологичен и направлен, скорее, на конкуренцию с европейскими производителями — главным образом, с аналогичными моделями KTM и Husquarna.