Последней модификацией Pz.III, вооруженной 50-мм пушкой, стала модификаия Pz III Ausf M. Первоначальный заказ составлял 1000 единиц, однако невысокая эффективность 50-мм пушек в борьбе с советскими танками заставила Службу вооружения сухопутных войск сократить заказ до 250 машин. На варианте М появилась более широкая «восточная» гусеница. С ней ширина танка увеличилась до 3266 мм.

Эвакуационные люки в бортах корпуса ликвидировали, что позволило увеличить боекомплект пушки с 84 до 98 выстрелов. Выхлопное оборудование было приспособлено для преодоления без подготовки бродов глубиной до 1,3 м (предыдущие версии «тройки» могли преодолевать брод глубиной до 0,8 м). Фары перенесли с лобового листа корпуса на крылья. Танки Pz III Ausf M получили кронштейны для крепления противокумулятивных экранов, установку зенитного пулемета на командирской башенке и некоторые другие менее значительные усовершенствования. На бортах башни смонтировали по три мортирки для запуска дымовых гранат калибра 90 мм.